ダウンロードダイアログに、表示されるデフォルトのファイル名が test[1].exe のように、”ファイル名 [数字].拡張子” という形式で表示されることがあります。Internet Explorer のファイルキャッシュに、同一のファイル名が既に存在する場合、重複を回避するためにこのような名前が設定するためです。これは、ファイルのダウンロードする際、テンポラリファイルがキャッシュディレクトリに一旦保存されるためです。

http://support.microsoft.com/kb/436153/ja

と解説されている訳ですが、すべての場合に起こるわけではないみたいです。

Excel（拡張子がxls）の時は、この現象が発生しません。キャッシュディレクトリを利用せずに、違うどこかに一旦ＤＬしているのだろうか。。。（詳しくは調べてません。）

ちなみに、IE7やFirefoxでは発生しません。